Хорезмская академия Мамуна в целях  повышения эффективности научных исследований, информированности в достижениях науки, обмена опытом, совместной организации научных конференций и обеспечения выполнения Национальной программы по подготовке кадров сотрудничает с 20 республиканскими научно-исследовательскими учреждениями и вузами.

Установлены систематические связи с Институтом истории, археологических исследований, Институтом востоковедения, генетики, с Институтом генофонда растений и животного мира, биохимии, сейсмологии, с Институтом общественно-гуманитарных наук отдела Каракалпакстана, входящих в систему Академии наук Узбекистана, с Ургенчским государственным университетом, Национальным университетом Узбекистана, с ТГВИ, ТГПУ, Ташкентским институтом автомобилестроения, СМУ, Сам ГИАС, подчиняжщиеся Министерству высшего и среднего специального образования, а также с Государственным заповедником (Ичанкала), ТГАУ, ГИДРОИНГЕО,   с Ургенским филиалом ТМА, Ургенчским филиалом ТУИТ, подчиняющиеся другим министерствам и с другими научными и производственными организациями.

Партнерские связи в основном направлены на плодотворное использование возможностей (высокопотенциальные современные оборудования, опытные участки, информационно ресурсные центры), на совместную организацию научных конференций, семинаров, на учебно- методическую помощь учреждениям вузов, на организацию лекций и семинаров ведущих ученых академии, на привлечение к науке магистрантов и студентов, на подготовку высококвалифицированных кадров.

Последние годы осуществляется эффективное партнерство с Институтами истории и генетики при Академии наук Республики Узбекистан в сфере подготовки кандидатов наук, а также совместной организации семинаров. Хорошо налажены работы академии с высшими образовательными учреждениями, академическими лицеями и профессионально-техническими колледжами Хорезмской области по организации различных учебных и научных работ (археологических, химических, агрономических, компьютерных знаний и др.). Информационно- ресурсный центр и музеи Хорезмской академии Мамуна превратился в любимое место студентов. Особенно  академический лицей №4 города Хивы, Хивинский педагогический колледж, Хивинский медицинский, Хивинский сельскохозяйственный колледж, Хивинский профессиональный колледж информационных технологий плодотворно пользуются возможностями академии. Кроме этого, заключено соглашение о партнерстве сНавоийским горным колледжем. Некоторые специализированные школы (школа №21 города Ургенча, школа №56 города Хивы и др.)  систематически  получают учебно-методическую и материально-техническую помощь со стороны академии, в отдельных мероприятиях академии активно участвуют и школьники.

  Хорезмская академия Мамуна в пределах своих приоритетных направлений (история, археология, охрана исторических памятников, экология, биология и сельское хозяйство) приглашают к сотрудничеству различные научные учебные и производственные организации.